Hợp tác xã Nông nghiệp Phú Ninh được thành lập với 20 thành viên, vốn điều lệ 1 tỷ đồng, hoạt động theo Luật hợp tác xã năm 2012 với mục tiêu là hỗ trợ các hợp tác xã thành viên trong việc sản xuất, cung ứng và tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp; liên doanh, liên kết giữa các hợp tác xã thành viên trong huyện với nhau, giữa các thành viên với hợp tác xã Phú Ninh, giữa các thành viên với đối tác và giữa hợp tác xã Phú Ninh với các đối tác đồng thời nâng cao thu nhập cho hợp tác xã và các thành viên, thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội tại địa phương.